双烯内酯水解酶基因的克隆

    原标题：1，2，4-TCB好氧途径中下游基因簇——双烯内酯水解酶基因的克隆

    利用引物F8-R8从J5-1的总DNA中克隆DLH的全长片段。J51中DLH基因全长片段的克隆电泳结果如图5—13所示。

    对所得序列的ORF、进行分析，确定从J5-1总DNA中克隆到的DLH基因的核苷酸序列编码区为716bp，由此推测该编码区包括238个氨基酸残基。根据前面的命名原则将J5-1中克隆得到的DLH基因初步命名为TcbE(J5-1)。该基因在GenBank上获得的登录号为No．EF530564。将TcbE(J5-1)的氨基酸序列与其他DLH基因的氢基酸序列进行同源性比对，结果如表5-5所示。

    TcbE(J5-1)与MocpC、CbnC、TcbE(P51)和TetE有较高的同源性，几乎均为100％；而与ClcD、TfdE同源性较低，为50％～52％。由此推测TcbE(J5-1)可能与MocpC、cbnC、TcbE(P51)属于同一类型的DLH，而不同于ClcD、TfdE。如果将表中的DLH基因分为两种类型：TcbE(J5-1)与MocpC、CbnC、TcbE(P51)和TetE属于类型I，ClcD和TfdE属于类型Ⅱ。根据表5-5中的数据可以看出，同一类型的DLH基因间同源性都几乎为100％。由此推测：同一类型的DLH基因之间高度保守。这一特性可能不同于氯代邻苯二酚氧化操纵子中的其他基因，如氯代邻苯二酚l，2-双加氧酶基因和氯代黏康酸环内酯酶基因。

    将上述几个DLH基因的进化关系通过图5-14的无根树来表示。从图中可以看出，TcbE(J5-1)与MocpC、CbnC、TcbE(P51)和TetE聚集在一个分支；ClcD和TfdD同源性很高。

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